|
|
Charakterizace oocytů afrických rypošů
KOPECKÁ, Eva
This study is focused on the characterization of oocytes of long-lived rodents, naked mole-rat, and giant mole-rat, which are emerging models of long-term oocyte and ovarian quality. In the second part, the effect of repeated ovulations on aging-associated quality decline of oocytes is studied, comparing mouse and giant mole-rat.
|
|
|
Effect of cancer therapy on fertilization parameters in testicular germ cell tumour patients.
Kruf, Annabelle Elisabeth ; Vondráková, Jana (vedoucí práce) ; Nevoral, Jan (oponent)
Germinální nádory varlat postihují dominantně věkovou skupinu mužů 15-35 let, v které jsou nejčastějším typem nádoru. Vliv nádoru a jeho léčby na spermie a plodnost je zatím málo prozkoumán. Tato diplomová práce studuje parametry spermií, které porovnává v rámci tří skupin dle času odběru vzorku. Skupiny jsou rozdělené na odběr před léčbou, odběr tři měsíce po skončení léčby a šest měsíců po skončení léčby. Do této práce bylo zahrnuto 84 vzorků od 46 pacientů. Kromě toho, dva pacienti s kompletní sadou vzorků byli přezkoumáni individuálně jako případové studie. Výsledky ukázaly velkou heterogenitu ve vzorcích a podtrhují individualitu pacientů, která je důležitá pro klinické aplikace a případné použití ejakulátu v centrech asistované reprodukce. Viabilita spermií, koncentrace, apoptotické změny, poškození DNA, akrozomální integrita, koncentrace leukocytů a změny histonových modifikací spermií neukázaly signifikantní rozdíl před léčbou ani po léčbě. Koncentrace IgA protilátek významně vzrostla po 3 měsících od operace a léčby. Na druhou stranu IgG protilátky tento trend nevykazují. Kromě těchto parametrů byla v této diplomové práci použita nová metoda, která používá ko-transfekované HEK293T/17 buňky jako model lidského vajíčka. Tato metoda testuje fyziologickou schopnost spermií navázat se na...
|
|
|
Epigenetic Dysregulation through Histone Modifications in Lymphoma
Hostaš, Ondřej ; Havránek, Ondřej (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
Lymfomy jsou různorodá skupina nádorů, které vznikají z lymfocytů a často se tvoří v lymfatických uzlinách nebo ve slezině. Lymfomy jednak patří mezi jedny z nejčastějších druhů zhoubných nádorů ve světě, a spousta typů má špatnou prognózu anebo není zatím možné jejich úplné vyléčení. U některých typů lymfomů, stejně tak jako u spousty jiných druhů nádorových onemocnění, jsou velmi časté mutace enzymů, které se funkčně podílejí na post-translačních modifikacích histonových proteinů. Tyto enzymy přímo ovlivňují genovou expresi tím, že mění kondenzaci a tím i přístupnost chromatinu. Vzhledem k tomu, že některé z těchto enzymů hrají důležitou roli při vzniku zárodečných center v lymfoidních folikulech, jejich mutace mohou vést k nekontrolované proliferaci a vzniku nádorového onemocnění. Standardní léčebné přístupy pomocí chemo-imunoterapie nejsou u podstatné části lymfomů dostatečné k jejich vyléčení. Nové a více cílené postupy s případnou inhibicí nebo modulací funkce těchto enzymů jsou tak nadějné cíle při hledání nových forem léčby. Klíčová slova: lymfomy, epigenetická regulace, histonové modifikace, KMT2D, EZH2, CREBBP, EP300
|
|
|
Vliv estrogenů na in vitro modely testikulární tkáně a spermatogeneze
Jursová, Pavlína ; Děd, Lukáš (vedoucí práce) ; Tlapáková, Tereza (oponent)
Přestože jsou estrogeny známy především pro jejich funkce v ženském reprodukčním systému, jejich vliv na mužské reprodukční funkce byl již také vcelku dobře objasněn. Fyziologické koncentrace estrogenů jsou esenciální pro správný průběh spermatogeneze. Regulují celou řadu funkcí v testikulární tkáni, včetně proliferace a apoptózy všech typů testikulárních buněk, dynamické restrukturalizace mezibuněčných spojení v testes a změn v zastoupení některých post-translačních modifikací histonů v jádrech testikulárních buněk. Cílem této diplomové práce bylo studovat jejich vliv na in vitro modely testikulární tkáně a spermatogeneze a tak hlouběji objasnit jejich funkce v testikulární tkáni. Součástí tohoto projektu bylo také ustanovení in vitro kultury testikulárních organoidů pro pozdější použití jako in vitro model spermatogeneze. Současně byly provedeny experimenty s MCF7 buněčnou liní, které byly použity k výběru vhodné formy estrogenu pro experimenty. Nakonec byly provedeny experimenty s TM4 buněčnou linií, která sloužila jako in vitro model testikulární tkáně. V rámci plnění cílů a ověřování stanovených hypotéz byly použity i některé pokročilejší metody jako například objemové konfokální zobrazování CLARITY či holografická mikroskopie. Bylo zjištěno, že estrogeny mají vliv na morfologii Sertoliho...
|
|
|
LINC complex: The link between chromatin integrity and sperm motility
Šanovec, Ondřej ; Komrsková, Kateřina (vedoucí práce) ; Lánská, Eva (oponent)
LINC komplex (z angl. Linker of the Nucleoskeleton and Cytoskeleton) je multiproteinová struktura nacházející se v jaderné membráně, která propojuje cytoskelet s jaderným skeletem. Jedná se o velmi konzervovaný komplex, který se nachází v každé savčí buňce, včetně gamet. Zde je ovšem LINC komplex velice variabilní a sestává se z různých proteinových partner, které mají specifickou lokalizaci. Zároveň se jedná o oblast, oproti somatickým buňkám, málo prozkoumanou. Tato práce se zabývá rolí LINC komplexu během spermiogeneze na myších modelech. Použit byl divoký typ a myší linie s delecí Protaminu 2 (Prm2-/- ). Protaminy jsou male proteiny, které nahrazují histony během spermiogenese. Myší model použitý v této studii, vytvořený týmem profesora Huberta Schorle, má deleci v exonu 1 genu Prm2. Důsledkem této delece mají takto ovlivněné myši překvapivý fenotyp, který zahrnuje úplnou ztrátu motility spermií. Na základě těchto pozorování byla vytvořena hypotéza, že LINC komplex může být zodpovědný za špatnou komunikaci mezi hlavičkou a bičíkem spermie, což vede ke ztrátě pohyblivosti. Výsledky ovšem naznačují, že LINK komplex není ztrátou Prm2 ovlivněn. Získaná data ovšem naznačují, že by v Prm2-/- spermiích mohla být narušena dynamika aktinu, aktivita cytoskeletálních motorů nebo tubulin acetylázy / histon...
|
|
|
Role proteinu Smarca5 (Snf2h) v regulaci transkripce vneseného DNA templátu.
Zikmund, Tomáš ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Smetana, Karel (oponent)
Vlastnosti buněk a tkání jsou výsledkem dynamické regulace genové exprese. DNA zabalená do proteinových struktur, souhrně označovaných jako chromatin, vyžaduje zapojení mechanizmů regulujících přístupnost specifických sekvencí. U eukaryot hrají klíčovou roli při regulaci struktury chromatinu tzv. chromatin-remodelační enzymy, mezi které patří ISWI ATPáza SMARCA5. SMARCA5 se účastní řady biologických procesů na DNA včetně transkripce, přesto význam proteinu SMARCA5 v transkripci především ve vztahu ke změnám chromatinové struktury in vivo není zcela objasněn. Pro tento účel jsme vytvořili a optimalizovali systém, který nám umožnil sledovat vliv intracelulární hladiny proteinu SMARCA5 na genovou expresi a vývoj chromatinové struktury artificiálně vneseného reportérového vektoru. Naše výsledky ukazují, že DNA vneseného reportérového vektoru byla nabohacena specificky tri-methylovanými molekulami histonu H3 na lyzinu 4 (H3K4Me3), které patří mezi známky aktivovaného chromatinu. Po nadprodukci proteinu SMARCA5 došlo v kódující sekvenci reportérového genu k ~2,5-3 násobnému zvýšení relativního nabohacení histonu H3 a jeho methylace (H3K4Me3). Vyšší zapojení molekul reportéru do procesu transkripce vedlo neočekávaně k poklesu reportérové aktivity oproti kontrole. Tyto výsledky podporují přítomnost...
|
|
|
Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.
Chmel, Martin ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Urbanová, Jana (oponent)
Úvod: V současné postgenomické době představuje studium epigenetických regulací jeden z nástrojů pro porozumění funkci genů. Epigenetické regulace mohou přímo řídit časovou a prostorovou aktivitu genů či jejich umlčení. Molekulární podstata těchto regulací spočívá v modifikaci bází DNA, remodelaci chromatinu a RNA interferenci. Zároveň tyto mechanismy vykazují vlastní způsob přenosu dědičné informace do dalších generací nazývaný epigenetikcá dědičnost. V rámci mnoha chorob byla jako příčina prokázána deregulace epigenetické informace určitých genů. Z tohoto důvodu se jeví studium epigenomu HLA genů jako zvláště důležité, neboť tyto geny hrají zásadní roli v regulaci imunitního systému. Cíle: Cílem této práce je vytvořit popis epigenetických modifikací v rámci rodin. Jedná se o analýzu histonových modifikací a metylace DNA v promotorovém úseku genu HLA DQA1. Cílem bylo rovněž srovnat rozdíly v epigenetických modifikacích mezi alelami a také srovnání rozdílů v daných modifikacích mezi generacemi. Získané výsledky budou porovnány s analýzou míry exprese genu HLA DQA1. Metody: Z odebrané periferní krve dárců byly izolovány DNA, RNA a leukocyty. DNA byla použita ke genotypizaci. Další část vzorků DNA byla konvertována bisulfitovou metodou a posléze sekvenována. Ze získaných dat byla provedena analýza...
|
|
|
Rekombinační hot-spoty u různých organismů
Stočesová, Lucie ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Meiotická rekombinace je významný proces, který probíhá v pohlavně se rozmnožujících organismech a vytváří nové kombinace alel. Frekvence i distribuce crossing-overů je ovlivněna mnoha vnitřními a vnějšími faktory. Místa s vyšší frekvencí crossing-overů se nazývají rekombinační hot-spoty a v této práci jsou rozděleny na ancestrální a odvozené. Ancestrální hot-spoty jsou původnější a určují je především histonové modifikace, oblasti bez nukleozomů, promotory a sekvenční motivy. Tento typ hot-spotů mají například kvasinky, ptáci a rostliny. Odvozené hot-spoty jsou určeny proteinem PRDM9, který vyhledává sekvenční motivy a vytváří u nich histonové modifikace. Odvozené hot-spoty jsou typické pro většinu savců, kromě psovitých. Psovití o funkční protein PRDM9 přišli kvůli mutacím genu Prdm9. Aktivita proteinu PRDM9 ničí cestou genové konverze původní umístění hot-spotů. Tento proces se nazývá "hot-spot paradox" a jeho řešením je velmi rychlá evoluce alel genu Prdm9. Tato práce shrnuje základní poznatky o distribuci a určení hot-spotů mezi eukaryotickými organismy. Blíže se zaměřuje na protein PRDM9, jeho stavbu, funkci a evoluci. V závěru práce je nastíněno určení polohy rekombinace u druhů bez hot-spotů a porovnání míry rekombinace mezi různými skupinami organismů.
|
|
|
Struktura minichromozomů polyomavirů
Satratzemis, Christos ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Mělková, Zora (oponent)
Genom polyomavirů se v hostitelské buňce nachází v podobě kruhové dvouvláknové DNA s nukleozomy. Exprese polyomavirových genů je tudíž ovlivněna rozmístěním nukleozomů na DNA a histonovými modifikacemi. Tato bakalářské práce shrnuje poznatky o struktuře polyomavirového minichromozomu a o efektech polohy nukleozomů a modifikací histonů na polyomavirový replikační cyklus. Práce zároveň popisuje faktory ovlivňující tyto jevy. Z dostupné literatury vyplývá, že pozice nukleozomů ani modifikace histonů nejsou náhodné, avšak ne všechny virové DNA molekuly jsou v těchto ohledech identické. Procesy jako časná a pozdní transkripce, replikace a enkapsidace tak probíhají pouze na určitých frakcích souboru molekul DNA.
|
|
|
Vliv epigenetických modifikací na replikaci a transkripci DNA viru hepatitidy B
Hofman, Tomáš ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Virus hepatitidy B vytváří v jádrech infikovaných hepatocytů stabilní cccDNA odolnou vůči degradaci se schopností perzistence po mnoho let. Hlavní roli v perzistenci cccDNA hrají epigenetické mechanismy regulující transkripci a replikaci v různých fázích infekce. Mezi hlavní regulační epigenetické mechanismy HBV patří metylace CpG ostrovů, acetylace a metylace cccDNA vazných histonů a RNA interference. Metylace CpG je spojena s interakcí kapsidového proteinu, jehož vazba na cccDNA podporuje transkripci a odlišuje tak strukturně virový genom od hostitelského. X protein kromě metylace CpG ovlivňuje hlavně histonové modifikace interakcí s hostitelskými proteiny, čímž je schopen vyřadit inhibiční vlivy a podpořit virovou transkripci aktivačními modifikacemi. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky týkající se epigenetické regulace cccDNA. Klíčová slova: HBV, cccDNA, replikace a transkripce HBV DNA, histonové modifikace, metylace CpG, CpG ostrovy, HBx, HBc, IFNα, IL-6
|
host ::
RSS.